Das Sächsische Landesgymnasium für Hochbegabtenförderung wird eröffnet
„St. Afra ist als Neugründung wiederzugründen. Entsprechend ist das Kreisgymnasium Meißen umzusiedeln bzw. neu zu gründen. Eine Übernahme des Kreisgymnasiums St. Afra in Landesträgerschaft kommt ebenso wenig in Betracht wie eine Umprofilierung bei laufendem Schulbetrieb. Der Lehrkörper und/oder die Administration des neuen Gymnasiums werden nicht aus dem jetzigen Kreisgymnasium St. Afra rekrutiert. Der Beginn der Schule wird frühestens für 1995 vorgesehen. […] Das Sächsische Staatsministerium für Kultus wird beauftragt, einen Gründungsausschuss zu berufen, der mit führenden Pädagogen und sonstigen Fachleuten […] ausgestattet werden soll. […]“ (Kabinettsbeschluss Nr. 01/0634, 1994)
Entsprechend des Kabinettsbeschlusses von 1994 wurde ein Jahr später ein Gründungsausschuss berufen. Zu seinen Mitgliedern zählten u.a. Prof. Dr. Ralf Köpsel (Verein der ehemaligen Fürstenschüler), Prof. Dr. Elias Wegert (Technische Univer¬sität Bergakademie Freiberg) und der spätere Schulleiter Dr. Werner Esser (vormals Schloss Salem). Das Ergebnis war ein Konzept, welches 1997 vom Kabinett bestätigt wurde.
Ab 1999 wurden mit den baulichen Maßnahmen begonnen. Binnen zweier Jahre wurde das Schulgebäude grundlegend saniert und das Internatsgelände in mehreren Abschnitten völlig neu gestaltet. An die ehemalige Bebauung aus DDR-Zeiten auf dem Internatsgelände erinnert heute nur noch „Der Denker“, der auf der Festwiese einen neuen Standort gefunden hat.
Der Schulbetrieb des Sächsischen Landesgymnasiums Sankt Afra für Hochbegabtenförderung begann mit zwei Jahrgängen (Klassenstufe 7 und 10) zum Beginn des Schuljahres 2001. Kollegium und Schülerschaft wurden sukzessive vergrößert. Heute leben, lernen und arbeiten circa 55 Mentoren und 300 Schüler zusammen in Sankt Afra – unterstützt von Kopf, Herz und Hand der Verwaltung, Haustechnik und Mensa.